وتأخر دفن الرسول الكريم صلى الله عليه وسلم حتى تم اختيار الخليفة الأول للمسلمين، وهو أبو بكر الصديق رضي الله عنه، باتفاق المهاجرين والأنصار في سقيفة بني ساعدة. وشغل الناس عن تجهيز رسول الله صلى الله عليه وسلم للدفن حتى كان آخر الليل ـ ليلة الثلاثاء ـ مع الصبح، بقي جسده المبارك على فراشه، مغشي بثوب حبرة، قد أغلق دونه الباب أهله. ويوم الثلاثاء غسلوا رسول الله صلى الله عليه وسلم من غير أن يجردوه من ثيابه، وكان القائمون بالغسل العباس وعليا والفضل وقثم ابني العباس، وشقران مولى رسول الله صلى الله عليه وسلم، وأسامة بن زيد، وأوس بن خولي، فكان العباس والفضل وقثم يقلبونه، وأسامة وشقران يصبان الماء، وعلى يغسله، وأوس أسنده إلى صدره. ثم كفنوه في ثلاثة أثواب بيض سحولية (سحول قرية باليمن تصنع الثياب) من كرسف (أي قطن) ليس فيها قميص ولا عمامة، أدرجوه فيها إدراجا.

واختلفوا في موضع دفنه، فقال أبو بكر إني سمعت رسول الله صلى الله عليه وسلم يقول: ما قبض نبي إلا دفن حيث قبض، فرفع أبو طلحة فراشه الذي توفي عليه، فحفر تحته، وجعل القبر لحدا. ودخل الناس الحجرة أرسالا (أي جماعات) عشرة فعشرة، يصلون على رسول الله صلى الله عليه وسلم لا يؤمهم أحد، وصلى عليه أولا أهل عشيرته، ثم المهاجرون، ثم الأنصار، وصلت عليه النساء بعد الرجال، ثم صلى عليه الصبيان. ومضى في ذلك يوم الثلاثاء كاملا، حتى دخلت ليلة الأربعاء، قالت عائشة: ما علمنا بدفن رسول الله صلى الله عليه وسلم حتى سمعنا صوت المساحي (جمع مسحاة، وهي مجرفة من حديد) من جوف الليل من ليلة الأربعاء